AB sahip olduğu standartlara uyum sağlanmasına yönelik kapasitesinin geliştirilmesi ve ekonomik ve sosyal gelişmişlik seviyesini artırma hedefiyle tahsis edilen AB fonları beş konu kapsamında ilgili kuruluşlarımızca kullandırılmakta olup bu hususlar; Geçiş Dönemi Desteği ve Kurumsal Yapılanma, Sınır Ötesi İşbirliği, Bölgesel Kalkınma, İnsan Kaynaklarının Geliştirilmesi ve Kırsal Kalkınma (IPARD) alanlarındadır.
2021-2027 dönemi Avrupa Birliği (AB) mali yardımları ile ilgili Türkiye-AB Katılım Öncesi Mali Yardım Aracı (IPA III) Çerçeve Anlaşması 7424 sayılı Kanunla onaylanması uygun bulunmuş ve 13/12/2022 tarihinden itibaren yürürlüğe girmiştir. 24.04.2023 tarihli remi gazetede ise IPA III Çerçeve Anlaşmasının 28. maddesinde yer alan vergi istisnalarına ilişkin hükümlerin uygulama usul ve esaslarını içeren 1 Sıra No.lu Türkiye-AB IPA III Çerçeve Anlaşması Genel Tebliği düzenlenmiştir. Bu tebliğ ile vergi istisnalarına ilişkin usul ve esaslar ile KDV İstisna Sertifikası için Başvurusu Yapılacak Makamın belirlenmesinde esas alınacak parasal tutarlar ve tedarik sözleşmesi düzenleme alt limiti yeniden belirlenmiştir.
Buna göre, bahse konu Tebliğin 4.2.2.1. KDV İstisna Sertifikası Başvurusu Yapılacak Makam başlıklı maddesi;
– “Vergi Dairesi Başkanlığı Kurulu olan illerde (EK-1/a) bulunanlardan, imzaladıkları Birlik Sözleşmesinde kendisine ayrılan bütçe payı 40 (kırk) milyon Türk Lirasından (40 milyon Türk Lirası dâhil) az olanlar o ildeki Vergi Dairesi Başkanlığına (Büyük Mükellefler Vergi Dairesi Başkanlığı mükellefi olanlar bu Vergi Dairesi Başkanlığına); Birlik Sözleşmesinde kendisine ayrılan bütçe payı 40 (kırk) milyon Türk Lirasından fazla olanlar ise Gelir İdaresi Başkanlığına” olarak,
– “Vergi Dairesi Başkanlığı kurulu olmayan illerde (EK-1/b) bulunanların imzaladıkları Birlik Sözleşmesinde kendisine ayrılan bütçe payı 20 (yirmi) milyon Türk Lirasından (20 milyon Türk Lirası dâhil) az olanlar o ildeki Defterdarlık Gelir Müdürlüğüne; Birlik Sözleşmesinde kendisine ayrılan bütçe payı 20 (beş) milyon Türk Lirasından fazla olanlar ise Gelir İdaresi Başkanlığına başvuracaklardır” olarak
değiştirilmiştir.
– Ayrıca, I sıra Nolu IPA III Genel Tebliğinin 4.2.2.6. KDV İstisna Sertifikasının Kullanılması bölümünün birinci fıkrası “KDV İstisna Sertifikası kullanmak suretiyle Birlik Sözleşmesi kapsamında temin edilecek mal, hizmet ile yapılan işler için Tedarikçi tarafından düzenlenecek fatura tutarı ya da aynı Birlik Sözleşmesi kapsamında aynı Tedarikçiden yapılacak alımların toplam tutarının (KDV Hariç) 15 (on beş) bin Türk Lirasını (15 bin Türk Lirası dâhil)’yi aşması durumunda Birlik Yüklenicisi öncelikle Tedarikçi ile bir örneği Tebliğin ekinde (EK-7) yer alan “Tedarik Sözleşmesi” yapacaktır” şeklinde ve beşinci fıkrası “Birlik Yüklenicisinin KDV İstisna Sertifikası kullanmak suretiyle Birlik Sözleşmesi kapsamında temin edeceği mal, hizmet ile yapılan işler için Tedarikçinin düzenlediği fatura tutarı ve aynı Birlik Sözleşmesi kapsamında aynı Tedarikçiden yapılacak alımların toplam tutarı(KDV hariç) 15 (on beş) bin Türk Lirası (15 bin Türk Lirası dâhil) ve altında ise; Tedarik Sözleşmesi yapmak ve Hibe Yararlanıcısına onaylatmak şartı aranmaksızın, KDV İstisna Sertifikasının ibrazı ve bir örneğinin verilmesi ile yukarıdaki şerh düşülerek düzenlenecek fatura veya benzeri evrakta KDV hesaplanmayacaktır.” olarak değiştirilmiştir.
Buna göre 6647 sayılı Kanunla onaylanması uygun bulunan 22/6/2015 tarihinde yürürlüğe giren IPA II Çerçeve Anlaşması kapsamında finanse edilen sözleşmelere, bu Anlaşmanın 28 inci maddesi ve 13/2/2016 tarihli ve 29623 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanan Türkiye-Avrupa Birliği Katılım Öncesi Yardım Aracı (IPA II) Çerçeve Anlaşması Genel Tebliği (Sıra No:1) uygulanmaya devam edecektir.
24.04.2023 tarih 1 Sıra No.lu Tebliğde yer alan KDV İstisna Sertifikası için Başvurusu Yapılacak Makamın belirlenmesinde esas alınacak parasal tutarlar ve tedarik sözleşmesi düzenleme alt limiti, bildirimler, cezalar bakımından yer alan hükümler 6647 sayılı Kanunla Onaylanması Uygun Bulunan IPA II Çerçeve Anlaşması ve aynı anlaşmaya istinaden yayımlanan Genel Tebliği bakımından da diğer hükümleri aynı kalmak kaydıyla uygulanacaktır.
IPA III Anlaşması kapsamında birlik yüklenicileri, Birlik Sözleşmesine uygun olarak verilen hizmet, tedarik edilen mal, yapılan iş için KDV’den muaf tutulmaktadır. Bu muafiyetten faydalanabilmek için “Birlik Yüklenicisi’ nin “KDV İstisna Sertifikası’ nı ve KDV İadelerini yine aynı tebliğde belirtilen makamlardan talep etmesi gerekmektedir. KDV İstisna sertifikası alımı için başvurular, sertifikanın kullanımı ve tam istisna kapsamındaki uygulama nedeni ile KDV iadesi alınması durumunda iadenin usul ve esasları açıklanmıştır.
Tebliğ’de ÖTV istisnası ve uygulaması, ÖTV iadesi usul ve esaslarını da açıklamaktadır.
IPA III Anlaşması kapsamında Gelir Vergisi Kanununa geçici 84’üncü madde eklenmiştir. Eklenen bu maddeye göre AB organlarından alınan hibeler özel bir fon hesabında tutulacak ve gelir olarak dikkate alınmayacaktır. Ayrıca sağlanan hibelerle finanse edilen yıllara sâri inşaat ve onarım işlerine ilişkin ödemeler üzerinden ve yaptıkları serbest meslek işleri dolayısıyla bu işleri icra edenlere yapılan ödemelerden, fon hesabından yapılan harcama tutarları ile sınırlı olmak üzere, 94 üncü maddenin birinci fıkrasının (2) ve (3) numaralı bentleri ile 5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanununun 15 inci maddesinin birinci fıkrasının (a) bendi ve 30 uncu maddesinin birinci fıkrasının (a) ve (b) bentleri uyarınca vergi kesintisi yapılmayacaktır. Tebliğde Gelir ve Kurumlar Vergisi İstisnasının uygulama esasları da açıklanmıştır.
Diğer yandan Tebliğde; Veraset ve İntikal Vergisi, Damga Vergisi, Harçlar, Özel İletişim Vergisi, Motorlu Taşıtlar Vergisi ile ithalatta alınan vergilere ilişkin istisna ve bu istisnaların uygulanması ayrıntılı açıklanmıştır.